Одиночный шарообразный стебель Нотокактуса Вараси редко пускает боковые побеги. При хорошем уходе и благоприятных условиях он может в высоту достигать 50 см., при этом максимальный диаметр ствола 20 см. Ребра хорошо выраженные. На их темно-зеленом фоне видны коричневатые ареолы. Они опушенные, с твердыми тонкими иголками. Боковые шипы имеют коричневый с оттенком желтого окрас и не вырастают более 1 см. Центральные иголки чуть длиннее, их можно узнать по золотисто-желтому колеру.
Цветет этот вид Нотокактуса летом. Почти на самой макушке распускаются красивые крупные цветы. Диаметр раскрывшейся головки почти 6 см. Ярким желтым лепесткам предшествует короткая труба, сплошь покрытая мелкими ворсинками. Увядать цветы начинают через 7–10 дней.