Многолетнее корневищное стержнекорневое травянистое растение. Высота восходящих четырёхгранных ветвистых стеблей достигает от 25 до 125 см. Листья обратноланцетовидные либо линейно-продолговатые, остроконечные, с одной жилкой, собраны в мутовках по 6—8 листьев, с обеих сторон зелёные, голые, с короткими щетинками по краям. Длина листа порядка 2 см, ширина 2,5 мм. Подмаренник мягкий — поликарпик. Цветёт в июне — сентябре. Соцветие представляет собой конечную метёлку, раскидистую, с отклонёнными ветвями и разветвлёнными цветоносами. Цветоножки короткие, венчик белый, диаметром от 2 до 5 мм, c длинными остриями лопастей. Пыльники чернеющие. Плод дробный, разделяется на голые мерикарпии с мелкоморщинистой поверхностью почти чёрного цвета.