Кустарник или небольшое дерево из подрода Миндаль (Amygdalus) рода Слива. Кустарник (реже небольшое дерево) 4—6 м высотой, весьма ветвистый. Побеги двух типов: удлинённые вегетативные и укороченные генеративные.
Листья черешковые, ланцетные, с длиннозаострённой верхушкой. Цветки одиночные, до 2,5 см в диаметре, с белыми или светло-розовыми лепестками, многочисленными тычинками и одним пестиком, состоят из бокальчатой сростнолистной чашечки и розового или красного венчика. Цветки распускаются раньше листьев.
Плод — сухая бархатисто-опушённая овальная однокостянка с кожистым зелёным мясистым несъедобным околоплодником. Сухой околоплодник при созревании легко отделяется от косточки. Миндаль имеет хрупкую и тонкую скорлупу. Освободить ягоду от скорлупы не составит труда.
Миндаль Самаркандский пользуется популярностью благодаря тонкой кожуре и необыкновенному вкусу.